دبیرستان دانشگاه شعبه چابهار در سال ۱۳۷۵ بعنوان شعبه ای از دبیرستان دانشگاه سیستان و بلوچستان شروع بکار نمود و از شهرستانهای ایرانشهر، چابهار و نیکشهر در دو رشته ریاضی فیزیک و علوم تجربی دانش آموز پسرپذیرش نمود. در سال ۱۳۸۲ پذیرش دانش آموز دختر شروع گردید. در سال 1385 با منفک شده مرکز آموزش عالی دریانوردی و علوم دریایی چابهار از دانشگاه سیستان و بلوچستان، مرکز پیش دانشگاهی پسرانه و دخترانه در چابهار شروع بکار نمود.

 هم اکنون دبیرستان دانشگاه چابهار از ۶ منطقه آموزشی چابهار، کنارک، دشتیاری، نیکشهر، قصرقند و بنت در سه رشته ریاضی فیزیک، علوم تجربی و علوم انسانی در سه شعبه دانش آموز پسر و دختر پذیرش می نماید. 

دانش آموزان مناطق نیکشهر،قصرقند و بنت در رشته علوم تجربی در مدارس شعبه نیکشهر مشغول به تحصیل هستند. دانش آموزان مناطق چابهار و دشتیاری در  مدارس چابهار و دانش آموزان منطقه کنارک در شعبه کنارک اشتغال بتحصیل دارند. دانش آموزان رشته ریاضی فیزیک کلیه مناطق ششگانه در چابهار تحصیل می نمایند. ضمنا رشته علوم انسانی فقط در دبیرستان دخترانه چابهار دایر می باشد.